というわけで、以下は簡単にエンディアンを調べる関数。

sub checkMachineEndianness {
    my $integer = unpack('I*', "\x12\x34\xAB\xCD");
    if ($integer == 0x1234ABCD) {
        print "このマシンはビッグエンディアンです。\n";
    } elsif ($integer == 0xCDAB3412) {
        print "このマシンはリトルエンディアンです。\n";
    } else {
        print "このマシンはビッグエンディアンでもリトルエンディアンでもありません。\n";
    }
}

最初の行のmy $integer = unpack('I*', "\x12\x34\xAB\xCD");で、「\x12\x34\xAB\xCD」というバイト列を符号なしint値に変換して変数$integerに代入しています。
もしビッグエンディアンなら$integerは0x1234ABCDに等しく、リトルエンディアンなら0xCDAB3412に等しいという、極単純な関数です。
そこで、例えばビッグエンディアンに統一したいならば、リトルエンディアンのマシンではバイトの順番を入れ替える必要があります。
おまけとして、バイトの順番を入れ替える関数も載せておきます：

sub swapBytes {
    my $bytes = shift;

    my @bytes = split('', $bytes);
    my @newBytes = reverse(@bytes);

    return join('', @newBytes);
}

さて、これでエンディアンの違いも乗り越えられるはずです。乗り越える必要が出てくるかどうかは知りませんが。(え