#!/bin/sh

CURRENT_DIR=`dirname $0`
cd ${CURRENT_DIR}

ABS_CURRENT_DIR=`pwd`
DIR_NAME=`basename ${ABS_CURRENT_DIR}`
PARENT_DIR=`echo ${ABS_CURRENT_DIR} | sed -e s/\\\\/${DIR_NAME}$//`

INC_DIR1="${PARENT_DIR}/PerlLib2012/mine"
INC_DIR2="${PARENT_DIR}/PerlLib2012/others"

SCRIPT="require './_.htbapp/Contents/Perl/_'; &main();"
perl -w -I ${INC_DIR1} -I ${INC_DIR2} -e "$SCRIPT"

…結局、シェルスクリプトを使ってperlを起動しているだけですが。
インクルードディレクトリを追加する方法として、PerlのBEGINブロック内で追加するのではなく、シェルでperlを起動するときに-Iスイッチで指定する方法を採りました。
ただそれだけのことでした。